A Comissão Europeia determinou que os montantes relativos aos programas operacionais deverão ser utilizados no prazo de dois anos após o do seu comprometimento, depois do qual deverão regressar a Bruxelas. Esta medida contrasta com a anterior situação, no âmbito do QCAII, onde uma verba não utilizada poderia ser reafectada a outro destino nos anos seguintes. Acrescente-se que a CE conservou para seu próprio uso 10 por cento do valor global dos fundos estruturais relativos «aos programas mais eficazes em termos de realização de objectivos, de gestão e execução orçamental».
